ReportX

Advancing structured neuro-oncology reporting through standardized annotation, machine-readable findings, and clear dataset documentation.

Un progetto per la refertazione strutturata in neuro-oncologia tramite annotazione standardizzata, reperti leggibili automaticamente e documentazione chiara del dataset.

Annotators Annotatori Annotator guide Guida all'annotazione Annotation protocol, annotation fields, examples, and language selector. Protocollo di annotazione, campi, esempi e selettore della lingua. Protocol Protocollo Experimental Protocol Protocollo Sperimentale Study design, acquisition parameters, and experimental setup. Disegno dello studio, parametri di acquisizione e setup sperimentale.
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The resulting paper will be submitted to Nature. Contributing annotators whose reports pass the quality check will be included as co-authors.

Il paper risultante verrà sottomesso a Nature. Gli annotatori i cui referti superano il controllo qualità saranno inclusi come co-autori.

Tumor Region Legend

Label Description
ET Enhancing Tumor
NETC Non-Enhancing Tumor Core
ED Edema
TC Tumor Core, defined as ET + NETC
WT Whole Tumor, defined as ET + NETC + ED

Field Definitions

ID Name Description Assigned To
F001 Tumor Center Region The tumor center is defined as the barycenter, or center of mass, of the TC region. The location of this point within the atlas is used to assign the corresponding anatomical region. To avoid cases in which the barycenter lies on a boundary, a spherical neighborhood with a radius equal to one tenth of the axial diameter is considered. The assigned region is then defined as the most prevalent region within this sphere. Machine
F002 Tumor Center Coordinates The coordinates of the barycenter are computed as the mean coordinates of all voxels in the TC region. Machine
F003 Side of Tumor Center Defined as the anatomical laterality of the tumor center based on the position of the TC barycenter relative to the brain midline, e.g., left, right, or midline. MachineAnnotator
F004 Eloquent Brain Involvement Determined using the atlas, this field specifies which of the following eloquent functional areas are involved by the tumor: vision, motor, speech motor, and speech receptive. Machine
F005 Enhancement Quality Qualitative assessment of CET contrast enhancement, indicating whether enhancement is present and how pronounced it appears. Annotator
F006 Proportion of ET Automatically derived from the segmentation mask using the formula: n. voxelET / n. voxelWT. Machine
F007 Proportion of ED Automatically derived from the segmentation mask using the formula: n. voxelED / n. voxelWT. Machine
F008 Proportion of NETC Automatically derived from the segmentation mask using the formula: n. voxelNETC / n. voxelWT. Machine
F009 Thickness of ET Margin Defined as the geometrically computed average thickness of the ET margin. Machine
F010 Definition of the Enhancing Margin Assesses whether most of the outer margin of the enhancement is well defined or poorly defined. Annotator
F011 Definition of the Non-Enhancing Margin Assesses whether most of the outer margin of the non-enhancing component is well defined or poorly defined. Annotator
F012 Intratumoral Hemorrhage Assesses whether intrinsic hemorrhage is visible anywhere in the tumor matrix. Annotator
F013 TC Size Defined as the largest perpendicular cross-sectional diameters of the TC across the axial, sagittal, and coronal planes. Machine
F014 ED Size Defined as the largest perpendicular cross-sectional diameters of the ED across the axial, sagittal, and coronal planes. Machine
F015 Tumor Heterogeneity The degree of heterogeneity of the internal architecture of the tumor. Annotator
F016 TC Affected Areas Determined using the atlas, this field specifies which brain regions are affected by the TC. Machine
F017 ED Affected Areas Determined using the atlas, this field specifies which brain regions are affected by the ED. Machine
F018 Number of Lesions Number of independent lesions observed in the brain. MachineAnnotator
F019 Type of Lesion Categorical variable indicating the observed lesion type. Possible values: single, multicentric, or multifocal. MachineAnnotator
F020 Ependymal Invasion Assesses whether the TC abuts any adjacent ependymal surface. Annotator
F021 Depth of TC Determines the depth of the TC. Possible values: cortical, subcortical white matter, deep white matter and basal nuclei. MachineAnnotator
F022 Tumor Center Macroarea The macroarea, or lobe, in which the barycenter lies, obtained using the atlas. MachineAnnotator
F023 Midline Shift The shift of the midline caused by the tumor mass, in millimeters. Annotator
F024 Tumor Shape The approximate shape of the tumor mass. Annotator
F025 Tumor Origin Where the tumor originates, following the grades: Periventricular, Gyral, or Deep white matter. Annotator
F026 Tumor Crosses Midline State whether the tumor crosses the midline. Annotator
F027 Subject specific findings Any subject specific findings that do not fall under any predefined category. Annotator

Annotators Version in English

Free-text reporting instructions and annotator-facing fields translated from the Italian annotation guide.

Reports should be compiled in free-text format, evaluating each relevant template field. Information that is not present should be omitted, avoiding explicit statements about the absence of findings or characteristics that are not described.

During annotation, it is recommended to follow the same evaluation progression across cases to ensure consistency. Measurements should always be reported in millimeters. In cases with multiple lesions, the annotation protocol should be repeated for each lesion so that the reported information clearly refers to the correct lesion.

ID Field Clinical Meaning
F003 Side of Tumor Center Anatomical laterality of the tumor center relative to the brain midline: left, right, or midline.
F005 Enhancement Quality Qualitative assessment of CET contrast enhancement, including whether it is present and how pronounced it appears.
F010 Definition of the Enhancing Margin Whether most of the outer enhancing margin is well defined or poorly defined.
F011 Definition of the Non-Enhancing Margin Whether most of the outer non-enhancing component margin is well defined or poorly defined.
F012 Intratumoral Hemorrhage Whether intrinsic hemorrhage is visible anywhere in the tumor matrix.
F015 Tumor Heterogeneity Degree of heterogeneity of the tumor internal architecture.
F018 Number of Lesions Number of independent lesions observed in the brain.
F019 Type of Lesion Categorical lesion type: single, multicentric, or multifocal.
F020 Ependymal Invasion Whether the TC abuts an adjacent ependymal surface.
F021 Depth of TC Possible values: cortical, subcortical white matter, deep white matter, and basal nuclei.
F022 Tumor Center Macroarea The macroarea or lobe in which the barycenter lies.
F023 Midline Shift Shift of the midline caused by the tumor mass, reported in millimeters.
F024 Tumor Shape Approximate shape of the tumor mass.
F025 Tumor Origin Likely origin category: periventricular, gyral, or deep white matter.
F026 Tumor Crosses Midline Whether the tumor crosses the midline.
F027 Subject-Specific Findings Any subject-specific finding that does not fall under a predefined category.

Field Definitions

F003

Side of Tumor Center

Anatomical laterality of the tumor center relative to the brain midline: left, right, or midline.

F003 – Side of Tumor Center
F005

Enhancement Quality

Qualitative assessment of CET contrast enhancement, including whether it is present and how pronounced it appears.

F005 – Enhancement Quality
F010

Definition of the Enhancing Margin

Whether most of the outer enhancing margin is well defined or poorly defined.

F010 – Definition of the Enhancing Margin
F011

Definition of the Non-Enhancing Margin

Whether most of the outer non-enhancing component margin is well defined or poorly defined.

F011 – Definition of the Non-Enhancing Margin
F012

Intratumoral Hemorrhage

Whether intrinsic hemorrhage is visible anywhere in the tumor matrix.

F012 – Intratumoral Hemorrhage
F015

Tumor Heterogeneity

Degree of heterogeneity of the tumor internal architecture.

F018

Number of Lesions

Number of independent lesions observed in the brain.

F019

Type of Lesion

Categorical lesion type: single, multicentric, or multifocal.

F019 – Type of Lesion
F020

Ependymal Invasion

Whether the TC abuts an adjacent ependymal surface.

F020 – Ependymal Invasion
F021

Depth of TC

Possible values: cortical, subcortical white matter, deep white matter, and basal nuclei.

F022

Tumor Center Macroarea

The macroarea or lobe in which the barycenter lies.

F023

Midline Shift

Shift of the midline caused by the tumor mass, reported in millimeters.

F024

Tumor Shape

Approximate shape of the tumor mass.

F025

Tumor Origin

Likely origin category: periventricular, gyral, or deep white matter.

F026

Tumor Crosses Midline

Whether the tumor crosses the midline.

F027

Subject-Specific Findings

Any subject-specific finding that does not fall under a predefined category.

Template del Dataset ReportX

Definizione strutturata dei campi del dataset per la refertazione su ToothFairy4M.

Etichetta Descrizione
ET Enhancing Tumor
NETC Non-Enhancing Tumor Core
ED Edema
TC Tumor Core, definito come ET + NETC
WT Whole Tumor, definito come ET + NETC + ED

Definizione dei Campi

F003

Lato del Centro del Tumore

Definito come la lateralità anatomica del centro del tumore in base alla posizione del baricentro del TC rispetto alla linea mediana del cervello, ad esempio sinistra, destra o linea mediana.

F003 – Lato del Centro del Tumore
F005

Qualità dell'Enhancement

Valutazione qualitativa dell'enhancement del contrasto CET, indicando se l'enhancement è presente e quanto appare pronunciato.

F005 – Qualità dell'Enhancement
F010

Definizione del Margine Enhancing

Valuta se la maggior parte del margine esterno dell'enhancement è ben definita o scarsamente definita.

F010 – Definizione del Margine Enhancing
F011

Definizione del Margine Non-Enhancing

Valuta se la maggior parte del margine esterno della componente non-enhancing è ben definita o scarsamente definita.

F011 – Definizione del Margine Non-Enhancing
F012

Emorragia Intratumorale

Valuta se un'emorragia intrinseca è visibile in qualsiasi punto della matrice tumorale.

F012 – Emorragia Intratumorale
F015

Eterogeneità del Tumore

Il grado di eterogeneità dell'architettura interna del tumore.

F018

Numero di Lesioni

Numero di lesioni indipendenti osservate nel cervello.

F019

Tipo di Lesione

Variabile categorica che indica il tipo di lesione osservata. Valori possibili: singola, multicentrica o multifocale.

F019 – Tipo di Lesione
F020

Invasione Ependimale

Valuta se il TC è a contatto con una superficie ependimale adiacente.

F020 – Invasione Ependimale
F021

Profondità del TC

Determina la profondità del TC. Valori possibili: corticale, sostanza bianca sottocorticale, sostanza bianca profonda e nuclei della base.

F022

Macroarea del Centro del Tumore

La macroarea, o lobo, in cui ricade il baricentro, ottenuta utilizzando l'atlante.

F023

Spostamento della Linea Mediana

Lo spostamento della linea mediana causato dalla massa tumorale, in millimetri.

F024

Forma del Tumore

La forma approssimativa della massa tumorale.

F025

Origine del Tumore

Dove origina il tumore, secondo le categorie: Periventricolare, Girale, Sostanza bianca profonda.

F026

Il Tumore Attraversa la Linea Mediana

Indica se il tumore attraversa la linea mediana.

F027

Reperti Specifici del Soggetto

Qualsiasi reperto specifico del soggetto che non rientra in alcuna categoria predefinita.

Protocollo di Annotazione

I referti vanno compilati in formato testuale libero, valutando ciascun campo del template. Le informazioni non presenti devono essere omesse, evitando di riportare esplicitamente l'assenza di reperti o caratteristiche non descritte.

Durante l'annotazione è consigliabile seguire sempre la stessa progressione di valutazione, così da garantire coerenza tra i diversi casi. Le misure vanno sempre riportate in millimetri.

In caso di lesioni multiple, il protocollo di annotazione deve essere ripetuto per ciascuna lesione, in modo da rendere sempre chiaro a quale lesione si riferiscono le informazioni riportate.

Multifocale, Multicentrico, Singolo

Nel protocollo sono definiti criteri specifici e oggettivi per classificare una lesione come singola, multifocale o multicentrica. ED è indicato in rosso, NETC in verde ed ET in blu.

Tumore singolo
Tumore multicentrico
Tumore multifocale
Tumore multicentrico con un centro singolo e uno multifocale

Definiamo come multicentrica una lesione in cui i corrispettivi ED sono separati, mentre multifocale nel caso non lo fossero.

Esempio di Referto Originale

Il referto di esempio rappresenta il modello da seguire per la compilazione.

In sede parasagittale destra, in corrispondenza della regione cingolata posteriore/precuneale a prevalente interessamento cortico-sottocorticale, si documenta una singola formazione espansiva intrassiale a morfologia ovalare, a segnale disomogeneamente ipointenso in T1 e iperintenso in T2.

La lesione presenta componente centrale necrotica e orletto solido periferico con enhancement disomogeneo post-contrastografico, in parte lineare e in parte nodulare, intenso. Si associa enhancement piale.

È riferito marginale interessamento della porzione posteriore del corpo calloso in sede destra da parte del core tumorale. Le alterazioni iperintense in T2/FLAIR perilesionali, estese alla sostanza bianca profonda dei lobi parietale e occipitale destri, si propagano inoltre nel corpo calloso, tratto posteriore e medio in sede destra, con minimo sconfinamento controlaterale a sinistra a livello del corpo calloso posteriore.

La massa determina effetto espansivo con obliterazione degli spazi liquorali periencefalici in sede occipito-parietale posteriore destra e compressione del trigono, del corno occipitale e della porzione posteriore del corpo del ventricolo laterale destro. Si associa deviazione della linea mediana, setto pellucido, di circa 2 mm verso sinistra. Il ventricolo laterale sinistro presenta morfovolumetria conservata; III e IV ventricolo regolari. Non segni di erniazione.

Coesiste importante quadro di sofferenza microangiopatica cronica biemisferica.

Referto Scomposto secondo il Template

Questa scomposizione mostra come ciascun campo del template trovi una corrispondenza nel testo libero.

ID Campo Finding
F003 Lato del Centro del Tumore "In sede parasagittale destra", "regione cingolata posteriore/precuneale" e "parietale e occipitale destri".
F005 Qualità dell'Enhancement "enhancement disomogeneo post-contrastografico, in parte lineare e in parte nodulare, intenso".
F010 Definizione del Margine Enhancing "orletto solido periferico con enhancement disomogeneo post-contrastografico".
F011 Definizione del Margine Non-Enhancing Assente nel referto, in quanto non ben definito.
F012 Emorragia Intratumorale Assente nel referto.
F015 Eterogeneità del Tumore "segnale disomogeneamente ipointenso in T1", "componente centrale necrotica" e "orletto solido periferico".
F018 Numero di Lesioni Una sola lesione: "si documenta una singola formazione espansiva".
F019 Tipo di Lesione Singola: "si documenta una singola formazione espansiva".
F020 Invasione Ependimale Assente nel referto.
F021 Profondità del TC "a prevalente interessamento cortico-sottocorticale".
F022 Macroarea del Centro del Tumore "regione cingolata posteriore/precuneale" e "sede occipito-parietale posteriore destra".
F023 Spostamento della Linea Mediana "deviazione della linea mediana, setto pellucido, di circa 2 mm verso sinistra".
F024 Forma del Tumore "formazione espansiva intrassiale a morfologia ovalare".
F025 Origine del Tumore Probabile origine girale/cortico-sottocorticale. Evidenza testuale: "regione cingolata posteriore/precuneale a prevalente interessamento cortico-sottocorticale".
F026 Il Tumore Attraversa la Linea Mediana "minimo sconfinamento controlaterale a sinistra a livello del corpo calloso posteriore".
F027 Reperti Specifici del Soggetto "Si associa enhancement piale", "marginale interessamento della porzione posteriore del corpo calloso", "effetto espansivo con obliterazione degli spazi liquorali periencefalici" e "importante quadro di sofferenza microangiopatica cronica biemisferica".

Utilizzo della piattaforma Yggdrasil

La piattaforma di annotazione è disponibile su yggdrasil.ing.unimore.it.

Tutto il lavoro di refertazione verrà fatto sulla piattaforma Yggdrasil.

Per qualsiasi problema, contattare reportx@unimore.it.

Ecco un breve tutorial: